La transformation du système de santé est inscrite à l'agenda des pouvoirs publics en raison de l'évolution des besoins de la population (transition épidémiologique) et des objectifs de maîtrise des dépenses. L'innovation organisationnelle est considérée comme un levier de cette transformation. Les maisons de santé illustrent ce rôle : la difficulté pour une innovation à trouver sa place dans un système fortement réglementé et à devenir un modèle dominant mais aussi la capacité de cette même innovation à imposer un nouveau mode d'organisation des soins : l'exercice coordonné. A l'aune de cet exemple, l'enjeu pour les pouvoirs publics est donc de créer un creuset susceptible d'accueillir ces innovations, d'encourager les initiatives locales, de permettre leur financement mais aussi leur évaluation . C'est à ces conditions que les innovations organisationnelles pourront être un levier de cette transformation.

La liberté de prescription des médecins est un principe "sacro-saint" en droit français. Néanmoins, compte tenu de la nécessité de maîtriser les dépenses de santé, les ordonnances médicales, régies classiquement par le code de la santé publique, sont de plus en plus encadrées par le droit de la sécurité sociale. Les caisses primaires contrôlent de façon rigoureuse, dans le cadre de la tarification et de la facturation des actes médicaux, la forme, le contenu, la date, la durée d'application, voire la pertinence des ordonnances signées par les professionnels de santé. La nécessaire prise en compte des impératifs financiers met à rude épreuve les principes juridiques traditionnels.