Ces dernières années, la communauté médicale est traversée par les débats sociétaux autour du genre, du sexe, de la procréation et des droits humains. Aussi les questions autour de la prise en charge médicale des enfants et adolescents transgenres viennent elles très régulièrement sur le devant de la scène médiatique suscitant la mobilisation de collègues à l’origine de prise de positions réclamant entre autres l’interdiction de prescrire des traitements hormonaux jusqu’à 25 ans. Nous proposons dans cet article de reprendre point par point les principaux sujets de controverses autour de la prise en charge médicale contemporaine des transidentités de l’enfant et de l’adolescent, à savoir la transition sociale, le blocage pubertaire, les transitions hormonales, et les transitions chirurgicales, et de les mettre en perspective de la situation contemporaine en France. Si la plupart des études cliniques menées depuis plus de 25 ans montrent les impacts positifs des prises en charge médicales des adolescents transgenres sur leur devenir psychologique soulignant l’innocuité relative des traitements, l’accompagnement psychodynamique n’en demeure pas moins essentiel, prenant en compte la singularité de chaque patient au fil des rencontres. Le temps long est parfois requis, parfois contre-indiqué en fonction de chaque situation clinique. Rappelons qu’il n’y a aucune prescription médicamenteuse avant la puberté, et pour les adolescents la durée moyenne entre la première consultation (pour laquelle ils ont attendu souvent un an) et une éventuelle prescription est d’une année. Dans le contexte où la population des enfants et adolescents transgenres est particulièrement vulnérable, ne pas nuire n’est pas systématiquement s’abstenir de prescrire, chaque situation clinique devant être évaluée dans sa singularité avec précaution et discernement. Ces décisions de transition médicale sont discutées et validées si pertinentes, en France depuis 2015, dans le cadre de Réunions de Concertation Pluridisciplinaire. Par-delà les opinions et les débats sociétaux, de réels enjeux éthiques sont à considérer, en particulier autour de la notion de consentement libre et éclairé chez l’enfant et l’adolescent, et les recherches doivent se poursuivre.