La Commission de la transparence (CT), cette instance médico-administrative chargée de se prononcer sur l’opportunité d’une prise en charge des médicaments par l’Assurance maladie, a peu été étudiée en dépit du rôle éminent qu’elle joue dans le fonctionnement du système de santé. Nous proposons d’en écrire l’histoire du point de vue de sa logique interne de fonctionnement, de ses missions et de ses outils d’analyse. Créée en 1980, 35 ans après la Sécurité sociale, elle s’est inscrite dans une continuité doctrinale en matière d’accès au marché des médicaments, inspirée et défendue par l’État. Elle s’efforcera d’y rester fidèle, en dépit des réformes auxquelles elle a été constamment soumise. Cet historique éclaire les débats actuels sur la place de la Commission et sur la pertinence de ses concepts de « service médical rendu » ou « d’amélioration du service médical rendu ». La question se pose, en outre, de savoir si les ajustements empiriques, respectueux des principes fondateurs, auxquels l’État a dû procéder pour adapter la CT à de nouvelles donnes scientifiques, sociales et économiques seront toujours possibles dans l’avenir. Des réformes plus doctrinales ne s’imposeront-elles pas, bousculant des principes fermement établis comme le caractère national des procédures d’accès au marché ou la séparation de l’évaluation médicale et de l’évaluation économique ?